Miejscowość była zamieszkana już ok. trzech tysięcy lat przed Chrystusem. Strategiczne położenie na szlaku handlowym (tzw. „stara droga fenicka” w czasach rzymskich zwana „Via Maris”) łączącym Afrykę z krajami dzisiejszego Bliskiego Wschodu sprawiła, że Kafarnaum prężnie się rozwijało. Wprawdzie nigdy nie było dużym miastem (w szczytowym momencie liczyło około dwóch tysięcy mieszkańców), ale przyciągało tysiące kupców i wędrowców - ludzi różnych kultur i języków. Możliwość zamieszkania w Kafarnaum było czymś prestiżowym i nobilitującym. W wyniku trzęsienia ziemi w 746 lub 794 roku miasto zostało całkowicie zniszczone. Mimo starań kolejnych pokoleń znaczenia Kafarnaum zaczęło maleć a w XI wieku zostało całkowicie wyludnione. Prace archeologiczne prowadzone na tym terenie od drugiej połowy XIX wieku doprowadziły do zidentyfikowania pozostałych ruin jako biblijnego Kafarnaum. Najlepiej zachowana została tak zwana „Biała Synagoga” (prawdopodobnie z IV wieku), która była zbudowana na fundamentach tej z czasów Jezusa. Swoją nazwę zawdzięcza wykonaniu jej z jasnego wapienia, który kontrastuje z czarnym bazaltem sąsiadujących budowli. Jest to jedna z najstarszych zachowanych synagog na świecie. Drugim ważnym miejscem są pozostałości po bizantyjskiej bazylice, która powstała na miejscu tak zwanego „Domu św. Piotra”.
